Oznaczenie przynależności gatunkowej wybranych szczepów z rodziny Enterobacteriaceae metodą sekwencjonowania 16S rRNA

Abstract

Wprowadzenie technik molekularnych do diagnostyki mikrobiologicznej przyśpieszyło proces identyfikacji gatunkowej bakterii. Ułatwia to także badania taksonomiczne. Ścisła definicja gatunku wciąż jednak jest problemem dla naukowców. Przyjmuje się, że do gatunku należą szczepy charakteryzujące się minimum 97-procentowym stopniem identyczności sekwencji 16S rRNA. Celem pracy była identyfikacja bakterii z rodziny Enterobacteriaceae. Materiałem wykorzystanym było DNA szczepów wyizolowanych ze sfermentowanej żywności. Badania obejmowały izolację DNA, reakcję łańcuchowej polimerazy PCR i technikę „molekularnego odcisku palca”. W wyniku badań zidentyfikowano i opisano 4 szczepy, należące do gatunków: Escherichia coli, Salmonella typhi, Shigella dysenteriae oraz Citrobacter koseri. The introduction of the molecular techniques in microbiological diagnostics accelerated the process of microbe species identification. It also facilitate taxonomical research. However the definition of a bacterial species is still problematic for taxonomists. Practically, bacterial species is considered to be a group of strains with over 97% of 16S rRNA gene sequence identity. The aim of this thesis was identification of Enterobacteriaceae family strains. Examined species were isolated from a fermented food. The scope of study includes DNA isolation, polymerase chain reaction (PCR) and fingerprinting. As the result of conducted analysis 4 strains have been indicated and described: Escherichia coli, Salmonella typhi, Shigella dysenteriae and Citrobacter koseri.